Seine erste Begegnung mit dem FC Bayern hatte Lizarazu im UEFA-Cup-Finale 1996: Vor dem Rückspiel, das die Münchner mit 3:1 bei Girondins Bordeaux gewannen (und sich später den Titel holten) tauschte er mit Lothar Matthäus die Wimpel aus.
Ein halbes Jahr später unterschrieb er beim FC Bayern: Hier sieht man ihn bei seiner ersten Trainingseinheit am 1. Januar 1997.
Immer einen Schritt schneller: Lizarazu im Duell mit David Beckham beim 2:2 gegen Manchester Utd. in der Champions League Ende September 1998.
1999 erreichten die Bayern das Finale der Champions League – auf dem Weg dahin kam es zum deutsch-deutschen Duell mit dem 1. FC Kaiserslautern. Die Bayern-Elf beim 2:0-Heimerfolg: h.R.v.l. Markus Babbel, Stefan Effenberg, Carsten Jancker, Mario Basler, Thomas Linke, Lothar Matthäus; v.R.v.l.: Jens Jeremies, Giovane Elber, Thomas Strunz, Bixente Lizarazu, Oliver Kahn
Am Ziel der Träume: 2001 gewann Lizarazu mit den Bayern die Champions League im Finale gegen den FC Valencia (5:4 i.E.) und feiert dies ausgelassen mit seinem französischen Teamkollegen Willy Sagnol.
2001 folgte auch der Sieg im Weltpokal durch einen 1:0-Erfolg im Endspiel gegen Boca Juniors – Giovane Elber (l.) und Oliver Kahn bejubelten die Trophäen gemeinsam mit Lizarazu.
Im Mai 2006 beendete Lizarazu seine Karriere und blickte auf eine beachtliche Titelsammlung zurück. Mit den Bayern feierte er neben dem Champions-League- und Weltpokalsieg sechs Deutsche Meisterschaften sowie fünf DFB-Pokalsiege.