Nach einem Jahr Auszeit beendete der FC Bayern die Bundesliga-Saison 2002/03 wieder auf dem Platz an der Sonne. Mit fast unglaublichen 16 Punkten Vorsprung auf den Tabellenzweiten Stuttgart dominierte man die Konkurrenz nahezu nach Belieben. Auch im DFB-Pokal-Endspiel ließ man dem 1. FC Kaiserslautern beim 3:1 keine Chance. Zwei Treffer im Finale steuerte Michael Ballack bei. Er trat in dieser Spielzeit erfolgreich das Effenberg-Erbe an und der FCB holte sich zum vierten Mal das Double. Ballack wurde zum Spieler des Jahres gewählt. Einziger schwarzer Fleck: In der Champions League scheiterte man bereits in der Vorrunde. Doch alles Negative hat auch etwas Positives. Es war ein gewisser Roy Makaay, der mit seinem Treffern für La Coruna das Aus der Bayern besiegelte. Ein Jahr später sollte dieser Makaay für den FCB auf Torejagd gehen.
Im Sommer 2003 wechselte der Holländer an die Säbener Straße. Und schon bald zeigte es sich, dass der Torjäger jeden Cent wert ist. In seinem ersten Jahr erzielte das Phantom Tore wie am Fließband, konnte aber nicht verhindern, dass die Saison ohne einen Titel für den deutschen Rekordmeister endete.
Diese Enttäuschung hatte zur Folge, dass Trainer Ottmar Hitzfeld nach sechs äußerst erfolgreichen Jahren in München Abschied nehmen musste. Mit vier Meisterschaften, zwei Pokalsiegen sowie je einem Triumph in Champions League und Weltpokal ist Hitzfeld einer der erfolgreichsten Trainer des FC Bayern. Nur Udo Lattek gewann mit dem FCB mehr Titel. Beim letzten Spiel der Saison 2003/04 im Olympiastadion wurde Hitzfeld von den Bayern-Fans ein emotionaler Abschied bereitet. Damit ging an der Säbener Straße eine Ära zu Ende.
Neue Arena, neue Transfers
Im Sommer 2004 nahm also Magath auf dem Trainerstuhl Platz. Als Verfechter der Werte Disziplin, Ordnung und Fitness - in seiner täglichen Arbeit griff er gerne auch mal auf Medizinbälle und Bleiwesten zurück -, schaffte er in den darauffolgenden zwei Jahren eine historische Bestmarke. Sowohl in der Saison 2004/05 als auch 2005/06 gewann er mit dem FCB jeweils den DFB-Pokal und die Meisterschaft. Das hatte auch in München noch niemand geschafft.
Einen Teil zum Erfolg trug sicherlich auch das neue Stadion bei. Im Mai 2005 endete die Ära Olympiastadion. Nach 33 äußerst erfolgreichen Spielzeiten zog der FC Bayern in seinen neuen Fußball-Tempel Allianz Arena um.
Nach zweieinhalb überaus erfolgreichen Jahren trennte man sich in Folge des Ausscheidens im DFB-Pokal (in Aachen) sowie eines schwachen Rückrundenstarts am 31. Januar 2007 von Magath. Hitzfeld kehrte zurück. Mehr als Platz vier in der Liga konnte aber auch er nicht mehr erreichen. Erstmals seit einem Jahrzehnt hatte sich der FCB nicht für die Champions League qualifiziert. Abschied nehmen hieß es zudem von Mehmet Scholl, der nach 15 Jahren im Bayern-Trikot und 15 Titeln seine aktive Profikarriere beendete.
In der Saison 2007/08 änderte der FC Bayern seine Transferstrategie und lockte internationale Top-Stars an die Isar. Mit Franck Ribéry und Luca Toni landete der FCB gleich zwei Transfercoups. Mit ihnen kehrte auch der Erfolg zurück. Hitzfeld holte in seinem letzten Trainer-Jahr bei Bayern prompt wieder das Double. Im DFB-Pokal setzte man sich gegen Dortmund (2:1) durch, die Meisterschaft schloss der Rekordmeister mit zehn Punkten Vorsprung souverän vor Verfolger Bremen ab. Im UEFA-Cup war indes im Halbfinale gegen den späteren Cup-Gewinner St. Petersburg Endstation. Der dreifache Welt-Torhüter des Jahres Oliver Kahn beendete seine einmalige Profi-Laufbahn. Hitzfeld wechselte auf die Trainerbank der Schweizer Nationalmannschaft.
Das Leistungszentrum entsteht
Sein Nachfolger für die Saison 2008/09 wurde Jürgen Klinsmann. Unter dem ehemaligen Bundestrainer entstand an der Säbener Straße ein einmaliges Leistungszentrum mit Fitnessräumen und Ruhezonen. Als der FC Bayern am 28. Spieltag 0:1 zu Hause gegen Schalke verlor, trennte sich der Klub von Klinsmann. Zuvor gab es bereits deutliche Niederlagen gegen Leverkusen (2:4 im DFB-Pokal-Viertelfinale), den späteren Meister Wolfsburg (1:5) und im CL-Viertelfinale in Barcelona (0:4).
Nachfolger wurde für fünf Spiele Jupp Heynckes, der die Bayern noch auf Rang zwei hinter Meister Wolfsburg hievte, somit die Champions League-Teilnahme sicherte und die Saison rettete.
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