El FC Bayern se establece como uno de los grandes clubes de Alemania. Después de que Simetsreiter, Goldbrunner y Moll representaran al combinado nacional en las Olimpiadas de 1936 en Berlín, el feliz mundo del fútbol quedó desdibujado. La Segunda Guerra Mundial había estallado y eso supuso la entrada en hibernación del deporte, incluido el Bayern.
Debido al trasfondo judío del club, el Bayern fue discriminado de numerosas formas. El número de socios, la cantidad de equipos y la asistencia a los partidos cayó drásticamente. Los doce años de dictadura fascista terminaron con la posición prominente del Bayern, cayendo en ciertos momentos a la posición 81 de la clasificación del Imperio Alemán.
En julio de 1944 el Bayern perdió su hogar cuando un bombardeo de los aliados destruyó la oficina del club. A pesar de todo, los jugadores mostraron un gran espíritu de equipo. El 22 de abril de 1945, sólo unos días antes del final de la guerra, vencieron al 1860 München por 3-2. De acuerdo a los registros del club, 56 miembros del Bayern perdieron la vida en el campo de batalla, entre ellos los internacionales Josef Bergmaier y Franz Krumm. Muchos otros fueron declarados desaparecidos en combate. Además, siete miembros fueron asesinados por los Nazis por razones raciales, religiosas o políticas.
Heidkamp mantiene el grupo unido
Más que ningún otro, el capitán Conny Heidkamp hizo lo imposible para mantener a los jugadores juntos durante los días más negros de la guerra. Seis semanas después de la rendición de Alemania el 8 de mayo de 1945, el FC Bayern estaba de vuelta jugando su primer partido, que perdió por 4-3 ante los rivales locales del FC Wacker.
El fútbol alemán necesitó tiempo para recuperarse del periodo de desolación y desastre. Pasaron nueve años hasta la que el éxtasis estalló alrededor de todo el país cuando Alemania volvió triunfante de Suiza en 1954. Sepp Herberger fue el seleccionador que llevó a los germanos a la gloria del Mundial por primera vez, aunque la victoria 3-2 sobre Hungría en la final no contó con la participación del capitán del Bayern Jakob Streitle. El 15 veces internacional tuvo que ver desde las gradas como Fritz Walter y cía. conquistaban la Copa del Mundo.
Los partidos de Alemania sin jugadores del Bayern en la alineación pasarían pronto a ser una rareza. En 1957 los bávaros ganaron la Copa de Alemania (DFB Pokal) por primera vez gracias a un único gol marcado por Jobst que sirvió para imponerse al Fortuna Düsseldorf ante los 42.000 espectadores que completaban el aforo del Estadio Rosenau de Augsburgo. A este éxito le siguió una época de sequía: el Bayern, presidido por el contratista Wilhelm Neudecker desde 1962, tuvo que lidiar con la decepción de no ser admitido en la nueva Bundesliga tras su introducción en 1963.
1860 en lugar de Bayern: un golpe de suerte en retrospectiva
La Federación de Fútbol Alemana (DFB) eligió a los rivales locales 1860 en detrimento del FC Bayern para ser el representante de Múnich en la nueva liga. Lo que el presidente del club, Wilhelm Neudecker, consideró una ultrajante injusticia se tornó en un golpe de suerte para el club. El peligroso estado financiero (la bacarrota se evitó por poco tras el descenso) forzó al club a deshacerse de sus estrellas más costosas y traer jugadores de la cantera y jóvenes talentos de las provincias bávaras. Esta política permitió a jóvenes como Franz Beckenbauer, Sepp Maier y Gerd Müller dar el salto.
El inflexible contratista Neudecker reestructuró la base profesional del Bayern, dando empleo a Robert Schwan como el primer secretario técnico a tiempo completo del fútbol alemán y al astuto yugoslavo Tschik Cajkovski como entrenador. A pesar de los cambios, el primer intento de alcanzar la máxima categoría se vio frustrado por el Borussia Neunkirchen. En 1964/65 el Bayern se convirtió en el indiscutible campeón de la Liga Regional Sur. Después logró imponerse en la liga de promoción para finalmente asegurarse un puesto en la Bundesliga. El presidente Neudecker cumplió su promesa de andar alrededor del lago Tegernsee acompañado de 500 seguidores.