Una exitosa campaña en la primera temporada de Bundesliga del club en la 1965/66 sirvió para obtener la tercera plaza. El mayor regalo que el FC Bayern ha recibido a lo largo de su historia como club llegó de las manos de su propia cantera. A mitad de los sesenta tuvieron su irrupción el arquero Sepp Maier y el centrocampista Franz Beckenbauer, además de la llegada del joven media punta Gerd Müller procedente del TSV Nördlingen. Cada uno de los componentes de ese trío se convirtió en el mejor del mundo en su posición, y juntos conformaron la medular de oro del Bayern.
Con la ayuda de sus compañeros de equipo, como el tenaz capitán Werner Olk, el atlético Franz 'Bulle' Roth y el siempre peligroso Rainer Ohlhauser, pusieron patas arriba a los equipos rivales en la Bundesliga y las competiciones coperas. A la victoria en la Copa Alemana de 1966 le siguió el triunfo en la Copa Europea de Campeones un año después, derrotando 1-0 al Glasgow Rangers. Pero la Bundesliga era un título que se les escapó a los bávaros hasta 1969, cuando el disciplinado Branko Zebek dibujó calculadoras tácticas sobre el estilo atacante del romántico Tschik Cajkovski.
Zebec prohibió la cerveza en el Bayern. Los más críticos pensaron que todo acabaría en lágrimas, pero los hinchas no tuvieron que esperar para ver el triunfo sobre la cancha. Aquel año ganaron el doblete (el título liguero con una ventaja de ocho puntos sobre el Alemannia Aachen, y la copa ante el Schalke). Llegado este punto, llegó un equipo a la cumbre a competir con el Bayern durante varios años: el Borussia Mönchengladbach. El Gladbach levantó el título liguero en 1970 y 1971, con el Bayern en segunda posición ambos años.
Razones para jugar en el Estadio Olímpico
1972 fue un año de alegrías. El Bayern jugaba su primer partido de Bundesliga en su nuevo hogar el 28 de junio de ese año. Se impusieron 5-1 al Schalke 04, proclamándose campeones de Alemania y anunciando unos ingresos récord de 1,2 millones de marcos alemanes. Estaban puestos los cimientos para un futuro de éxitos deportivos y financieros del club.
Más records de esa temporada: Gerd Müller consigue el récord histórico, aún vigente, de máximo número de goles en una temporada por un jugador: 40. El equipo sumó 55 de los 68 puntos posibles (con el sistema de dos puntos por victoria) - otro récord en Bundesliga.
Le siguieron dos títulos ligueros más bajo la tutela de Udo Lattek - y el primer triunfo en la élite del fútbol europeo: el Bayern ganó la Copa de Europa en 1974. 'Katsche' Schwarzenbeck niveló el marcador 1-1 ante el Atlético de Madrid a un minuto del final, forzando un partido de desempate. Franz y cía. ganaron el encuentro en Bruselas por 4-0, con Uli Hoeneß y Gerd Müller marcando dos goles cada uno.
Trío de triunfos europeos
Alemania ganó la Copa del Mundo ese mismo año, imponiéndose a Holanda en la final de Múnich. Seis jugadores del Bayern formaron parte del once inicial (Maier, Beckenbauer, Schwarzenbeck, Breitner, Hoeneß y Müller). Dos de ellos terminaron en la lista de goleadores: Breitner con un penalti y Müller con un inolvidable disparo a la media vuelta (2-1).
Y aunque el Bayern se tomó un descanso en cuanto a ganar la Bundesliga (hasta 1980), dieron la nota a nivel europeo: en 1975 (2-0 ante el Leeds United en París con goles de Roth y Müller) y 1976 (1-0 ante el St. Etienne en Glasgow, gol de Roth) el entrenador Dettmar Cramer llevó al Bayern a la victoria de la Copa de Europa. En 1976 ganaron también la Copa Intercontinental (0-0 y 2-0 ante el Belo Horizonte). Fueron los últimos títulos internacionales del Bayern ese siglo...
Estaban por venir años de cambios, años sin un solo trofeo. En 1977 Franz Beckenbauer dejó el Bayern para unirse al New York Cosmos en la liga profesional de EE.UU. Sólo doce meses después le siguió Gerd Müller, que también cruzó el charco rumbo a los Fort Lauderdale Strikers.
Comienza la era de Hoeneß
En 1979 Uli Hoeneß, a la edad de 27 años, fue nombrado secretario general en el lugar del agente de Beckenbauer Robert Schwan. Pal Csernai recogió el bastón de mando de Gyula Lorant como entrenador. El presidente Neudecker renunció cuando el equipo rechazó al antiguo jugador del 1860 München Max Merkel como entrenador. Willi O. Hoffmann se convirtió en el nuevo jefe del club.
Cuando Hoeneß cambió la cancha por un despacho en Säbener Straße en 1979, el FC Bayern tenía ya una deuda de 7 millones de marcos (unos 3,6 millones de euros). La facturación anual era de unos 12 millones de marcos (6,1 millones de euros). Treinta años después, cuando Hoeneß dejó su puesto como gerente general para convertirse en presidente, la facturación excedía los 300 millones de euros y el Bayern era uno de los clubes más ricos del mundo.