En 2009/10 el FC Bayern contrató a Louis van Gaal como técnico. El míster acababa de ganar la Erdivise holandesa con el AZ Alkmaar y no fue el único rostro nuevo en Säbener Straße durante el verano de 2009. Arjen Robben llegó procedente del Real Madrid y Mario Gómez se pasó del VfB Stuttgart a la capital de Baviera.
Van Gaal también optó por disponer de los canteranos, echando mano de los ya conocidos jóvenes Thomas Müller y Holger Badstuber para la pretemporada. Ambos terminaron convirtiéndose en grandes jugadores durante las siguientes temporadas y son a día de hoy fijos en el Bayern y la Selección de Alemania.
Doble victoria en 2010 con Van Gaal.
Tras un titubeante comienzo de temporada, el Bayern fue ajustando su juego semana tras semanas para emocionar a la afición con un atractivo fútbol de ataque. Esa aproximación culminó con el club ganando otro doblete de liga y copa en 2010. El Bayern dejó pasar la ocasión de conseguir un triplete tras una derrota 0-2 ante el Inter de Milán en la final de la Liga de Campeones en Madrid, pero a pesar de eso pasó a la historia como uno de los equipos con más éxito del club.
2009 también vio como Uli Hoeneß saltaba a la palestra. Tras 30 años como gerente general, Hoeneß fue nombrado presidente en noviembre de 2009 cuando su sucesor, Franz Beckenbauer, pasó a ser presidente honorario.
Se despide van Gaal, entra Jonker
La temporada 2010/11 comenzó con una victoria del Bayern en la Supercopa, reestablecida ese año por la liga alemana (DFL). El FCB venció 2-0 al Schalke 04, pero desafortunadamente fue el único trofeo de la temporada. La Copa terminó con una derrota ante el mismo Schalke en semifinales y de la Liga de Campeones se salió tras una derrota ante el Inter de Milán en octavos.
La temporada liguera tampoco fue según lo planeado: el club bávaro corrió el riesgo de caer fuera de los puestos de Champions. El entrenador van Gaal fue destituido en abril de 2011 y fue su asistente Andries Jonker quien se hizo cargo del puesto, llevando al Bayern al tercer puesto de la clasificación. Eso aseguró una plaza en las rondas clasificatorias de la Liga de Campeones.
En verano de 2011 Jupp Heynckes fue nombrado entrenador del equipo por tercera vez en su carrera. El de 66 años encarriló a los máximos campeones de Alemania con dos victorias 2-0 y 1-0 sobre el FC Zürich que le aseguraron una plaza en la máxima competición europea. Los bávaros dejaron algunos partidos de vértigo durante la fase de grupos. FC Basel (octavos de final), Olympique de Marsella (cuartos) y Real Madrid (semis) fueron incapaces de parar al Bayern en su camino a la final de la Liga de Campeones 2012 en el Allianz Arena.
El disgusto de la derrota en casa
El gran triunfo de ganar la final en Múnich no llegó a materializarse: a pesar del dominio del Bayern durante los 90 emocionantes minutos de partido ante el Chelsea, el marcador rezaba 1-1 tras el pitido final. A eso le siguieron la prórroga y la tanda de penales, con los ingleses imponiéndose desde los once metros.
La decepción era inmensa en el club tras dejar escapar el sueño de ganar la Champions League en su propio estadio. La primera temporada con Heynckes terminó con tres segundos puestos: el Bayern resultó superado por el Borussia de Dortmund en la Bundesliga y la Copa Alemana.
El hecho de que la temporada que siguió al triplete de segundos puestos se convirtiera en la más fructífera del club puede verse como típico del FC Bayern: Matthias Sammer se hizo cargo del puesto de director deportivo sucediendo a Christian Nerlinger, y ejemplificó la sed de triunfos del club.
La amarga decepción fue seguida de un éxito tras otro.
La temporada comenzó con una victoria en la Supercopa ante el doble ganador Borussia de Dortmund. El dominio del equipo, apodado el 'Super Bayern' a final de temporada, fue evidente durante toda la campaña. El título de Bundesliga número 23 ya estaba asegurado en la jornada 28. A final de temporada los de Heynckes sumaban 91 puntos, colocando al Bayern a 25 puntos de distancia del segundo clasificado Dortmund. Otros records incluyeron 29 victorias, una diferencia goleadora de +80 y sólo 18 goles en contra.
Estaba claro que el Bayern estaba decidido a levantar la orejona cuando le asestaron un marcador global de 7-0 al Barcelona en la eliminatoria de semifinales (4-0 en Múnich y 0-3 en Barcelona). La derrota en la final de Múnich fue seguida de una final en Wembley donde Arjen Robben lució como el hombre del partido. El holandés, centro de la controversia del verano, marcó el tanto de la victoria en el minuto 89, para decantar así la final alemana ante el archirrival Borussia de Dortmund (2-1). La quinta Champions League marcó el final de una racha de 12 años de sequía en competición europea.
La Copa Alemana también trajo consigo una oportunidad de vengarse de los vigentes campeones, aunque fue en cuartos de final. A la victoria 6-1 sobre el VfL Wolfsburg en semifinales le siguió una final en el Estadio Olímpico de Berlín el 1 de junio ante un apasionado y motivado VfB Stuttgart. Los suabos fueron incapaces de fastidiar la fiesta bávara y al final el Bayern se convirtió en el séptimo equipo europeo y primero de Alemania en sellar un triplete.
Para la temporada 2013/14 llegó el técnico español Pep Guardiola, quien sucedió a Jupp Heynckes, y el joven internacional alemán Mario Götze.