Los primeros diez años del milenio fueron testigo de una serie de éxitos sin parangón en el club, tanto dentro como fuera del terreno de juego. Seis campeonatos nacionales, incluyendo cinco dobletes domésticos, ayudaron a llenar la vitrina de trofeos del FC Bayern hasta el límite. Pero el más dramático de todos fue el triunfo en la Champions League de 2001. En 2002 el club se convirtió en una sociedad anónima. En los siguientes años llegaron la construcción del Allianz Arena, propiedad del club, y la ejemplar renovación de los despachos.
Tras la dramática derrota ante el Manchester United en la final de Champions League de 1999, el equipo, formado en torno a Oliver Kahn, Stefan Effenberg y Giovane Elber, tenía altas las miras de cara al 2000. Al comienzo del año, su 'rival favorito', el Real Madrid, lo vivió en sus carnes en la segunda ronda de Champions League. En ocho días el Bayern puso la pelota en el fondo de la meta del Madrid ocho veces (2-4 en el Bernabeu y 4-1 en el Estadio Olímpico). Los dos rivales eternos se volvieron a encontrar en semifinales. El Madrid se tomó la revancha de las dos derrotas anteriores al superar la eliminatoria para desgracia de los muniqueses. Una victoria 2-0 en la primera vuelta le bastó a los merengues para pasar a pesar del 2-1 en el segundo partido en Múnich.
El Bayern siguió acumulando trofeos. El equipo entrenado por Hitzfeld alcanzó y superó al Bayer Leverkusen en los últimos compases de la campaña liguera. El equipo de las aspirinas perdió contra todo pronóstico ante el ya descendido Unterhaching, cediendo el trofeo al conjunto bávaro en los últimos minutos de la última jornada de la temporada. El Bayern disfrutó de su venganza ante el Werder Bremen en la Copa Alemana. Tras una derrota en los penaltis el año anterior, el Werder sufrió una severa derrota por 3-0 ante el Bayern. La temporada 1999/2000 trajo consigo el tercer doblete de la historia del club, y además Oliver Kahn fue elegido jugador del año.
Redención: triunfo en la Champions League 2001
La temporada 2000/01 será siempre recordada por los aficionados. La Copa Alemana terminó en la segunda ronda en el estadio del FC Magdeburg, pero el Bayern volvió a ser el primero de la clasificación en la jornada 34. Patrik Andersson marcó de libre directo en el tiempo de descuento ante el Hamburger SV para sellar el título liguero. Un dato peculiar: el partido de segundo clasificado Schalke 04 había terminado y ya estaban celebrando el título liguero... hasta que Andersson marcó.
Con este impulso en la motivación, el equipo viajó hasta Milán para la final de la Champions League ante el Valencia el 23 de mayo de 2001. Era el momento de coronar el "año de la revancha". El Manchester United había caído en los cuartos de final y el Real Madrid fue derrotado en semifinales: el FC Bayern ganó la primera vuelta como visitante (0-1) y un 2-1 en casa zanjó la eliminatoria. Oliver Kahn se convirtió en el héroe de la noche en la final. El arquero paró tres penaltis en la tanda tras la prórroga, que terminó en 5-4 a favor del Bayern, dando al club su cuarta Copa de Europa/Liga de Campeones en 25 años.
La temporada 2001/02 también terminó con un título más para el Bayern. El Bayern no pasó de la tercera plaza en la Bundesliga tras Dortmund y Leverkusen, y la semifinal de la Copa Alemana terminó con una derrota 2-0 ante el Schalke en el tiempo de descuento, pero un disparo de Sammy Kuffour sirvió para vencer 1-0 al Boca Juniors en noviembre de 2001, trayendo de vuelta la Copa Intercontinental a la vitrina de la capital bávara por primera vez desde 1976. La Champions League terminó con una derrota ante el Real Madrid en cuartos.
Despedida a Hitzfeld
Tras una temporada sin títulos europeos o domésticos, el FC Bayern volvió a proclamarse campeón de la Bundesliga en 2002/03. El Bayern terminó con unos increíbles 16 puntos de ventaja sobre el segundo clasificado Stuttgart, dominando la Bundesliga a su voluntad. La final de la Copa Alemana arrojó una victoria 3-1 para desgracia del FC Kaiserslautern. Michael Ballack marcó dos goles en la final. Fue capaz de asumir el papel de Effenberg y aseguró el cuarto doblete del Bayern, con Ballack elegido Jugador del Año. El único punto negro: la andadura en la Champions League terminó en la fase de grupos. Pero de lo negativo surge lo positivo. Un gol de Roy Makaay para el Deportivo de La Coruña apeó al Bayern. Un año después, el mismo Makaay estaba jugando en la delantera de los muniqueses.
El holandés se mudó a Säbener Straße en verano de 2003 por el traspaso más elevado hasta el momento en la historia del club. El delantero no tardó en demostrar que valía cada céntimo. En su primer año, el 'fantasma' marcó un gol tras otro, aunque no logró evitar que la temporada 2003/04 terminara sin ningún título nuevo en las vitrinas del Bayern. La carrera al título liguero terminó con el Werder Bremen superando al Bayern, con una salida de la Copa Alemana en cuartos de final ante el Alemannia Aachen y una derrota ante el Real Madrid en la Champions League en octavos de final.
Los decepcionantes resultados en las distintas competiciones conllevaron la salida de Ottmar Hitzfeld tras seis años de éxitos en Múnich. Cuatro Bundesligas, dos Copas Alemanas, una Champions League y una Copa Intercontinental hicieron de Hitzfeld el más laureado de los entrenadores del Bayern. Sólo Udo Lattek le supera en cuanto a trofeos con el Bayern. En el último partido de la temporada 2003/04 en el Estadio Olímpico, Hitzfeld, junto con su asistente Michael Henke, se llegó una emocionante despedida de la grada. El entrenador fue despedido por una hinchada puesta en pie. Eso marcó el fin de una era en el club. El sucesor de Hitzfeld fue Felix Magath, que debía continuar las siguientes temporadas donde lo había dejado su antecesor.
Con Magath al nuevo estadio
El siguiente cambio de entrenador en el Bayern sucedió en verano de 2004. Felix Magath sustituyó al muy laureado Ottmar Hitzdeld, y las siguientes temporadas estuvieron marcadas por una serie de éxitos similar a la anterior. Magath, un convencido defensor de los valores de la disciplina, el orden y la forma física (en su trabajo diario le gusta emplear balones medicinales y chalecos con pesas), logró un hito histórico en los dos años siguientes: logrando sendos dobletes en las temporadas 2004/05 y 2005/06 se convirtió en el primero en lograr dos dobletes consecutivos en la historia de la competición y del club.
El nuevo estadio era seguramente un elemento clave de su éxito. El periodo en el Estadio Olímpico terminó en mayo de 2005. Tras 33 años tremendamente exitosos, el FC Bayern se mudó a su nuevo coliseo, el Allianz Arena.
Magath se separó del Bayern el 31 de enero de 2007 tras dos años y medio de éxitos y un fallido comienzo de la segunda mitad de la última temporada. Volvieron a traer a Hitzfeld, pero los muniqueses volvieron a quedar fuera de la Copa Alemana y los cuartos de final en Aquisgrán. Hitzfeld fue incapaz de salvar lo que quedaba de temporada y el equipo quedó cuarto en la 2006/07 y no logró la clasificación para la Liga de Campeones por primera vez en una década. Mehmet Scholl terminó su carrera como jugador tras 15 años vistiendo la camiseta roja en los que ganó 15 trofeos.
En la 2007/08 el FC Bayern varió su estrategia de fichajes y optó por traer grandes estrellas a Múnich. El club dio dos golpes maestros con las incorporaciones de Franck Ribéry y Luca Toni. Se reconcilió con el éxito. Hitzfeld volvió a ganar el doblete en su último año como entrenador del Bayern. En la Copa los muniqueses se impusieron al Dortmund por 2-1 y en Bundesliga le sacaron una ventaja de 10 puntos al segundo clasificado. En la semifinal de la Copa de la UEFA, los muniqueses resultaron eliminados ante el Zenit de San Petersburgo, que a la postre serían los campeones de la competición. El tres veces Mejor Portero del Mundo Oliver Kahn puso fin a su carrera profesional y Hitzfeld se marchó a Suiza para ser seleccionador.
Construyendo un formidable centro de alto rendimiento
Jürgen Klinsmann fue su sucesor para la temporada 2008/09. Con el que fuera seleccionador de Alemania se erigió un centro de alto rendimiento único en Säbener Straße, con gimnasios y zonas de reposo. De todos modos, cuando el FC Bayern perdió 0-1 en casa ante el Schalke 04 en la jornada 28, el club decidió prescindir de los servicios de Klinsmann. Esa derrota estuvo precedida de otras muy sonadas ante el Leverkusen (4-2 en cuartos de la Copa) y el que se convertiría en el campeón de la Bundesliga Wolfsburg (5-1) y en cuartos de final de Champions League en Barcelona (4-0).
El sucesor durante cinco partidos fue Jupp Heynckes, que llevó al Bayern a dos puntos del campeón Wolfsburg, asegurando la clasificación para la Liga de Campeones y salvando la temporada.