Los años 90 fueron una década de agitación constante. Los numerosos cambios en la gestión causaron considerables fluctuaciones en el devenir deportivo del Bayern. Los nuevos medios de comunicación comerciales adoptaron un ángulo diferente, y no siempre relacionado con el deporte, de cara a las estrellas del fútbol. Como consecuencia el FC Bayern comenzó a ser conocido como el 'dream team' por un lado y como el 'FC Hollywood' por el otro.
El intenso interés de los medios tuvo al menos un efecto positivo: nunca antes habían ido tantos aficionados al estadio y nunca antes se habían vendido tantas camisetas. En cualquier caso, las vicisitudes de esta década se reflejan en ocho cambios de entrenador.
Heynckes ganó la liga en 1989 y 1990, pero el principal objetivo de la Copa de Europa se seguía resistiendo. Del lado positivo, Alemania volvió a ganar el Mundial en 1990 (con Augenthaler, Reuter, Thon, Kohler, Pflügler y Aumann representando al Bayern en la selección).
Heynckes y el Bayern se separaron en la 1991/92, siendo el ex jugador del Bayern Sören Lerby quien vino a relevarle. Pero ese equipo no logró su objetivo. Bajo la amenaza de descenso, Erich Ribbeck reemplazó a Lerby. Franz Beckenbauer y Karl-Heinz Rummenigge saltaron a la palestra como medida de emergencia, convirtiéndose en vicepresidentes del FC Bayern. En 1993/94, el 'Kaiser' reemplazó finalmente a Ribbeck y logró levantar el título liguero.
A esto le siguió la primera era 'Trap'. Giovanni Trapattoni era muy querido por los jugadores y la prensa, pero el éxito se le resistió en el primer intento. La temporada 1994/95 terminó con una sexta plaza y una salida en la semifinal de la Copa de Europa ante el Ajax de Ámsterdam.
Rehagel, Beckenbauer, Trapattoni
Otto Rehagel llegó de las mano de estrellas como Klinsmann, Herzog y Sforza. Aunque Rehhagel llegó al equipo a la final de la Copa de la UEFA, fue destituido en primavera, a pesar de dos memorables actuaciones en la semifinal ante el Barcelona. Se puso complicado en el Estadio Olímpico tras un empate 2-2, pero la vuelta, en el Estadio Camp Nou, se tornó un desfile de la victoria: Babbel y Witeczek marcaron para el triunfo 1-2. A muchos aficionados del Bayern aún se les pone la piel de gallina pensando en la noche del 16 de abril de 1996.
Franz Beckenbauer, presidente desde 1994, tomó también el cargo de entrenador para la final a doble partido. 2-0 y 1-3 ante el Girondins de Bordeaux le dieron el primer triunfo en esta competición. Sin embargo, como ya pasó la temporada anterior, el Borussia de Dortmund se proclamó campeón alemán.
Y entonces volvió Trapattoni. Su segundo mandato como entrenador del Bayern arrojó dos títulos: una Bundesliga en 1997 y una Copa de Alemania en 1998. Toda la ciudad le mostr ó su aprecio cuando el 'Maestro' se marchó. Fue conocido sobre todo por su enérgicas charlas que alcanzaron el estatus de culto y conquistó el corazón de los hinchas.
"Madre de todas las derrotas"
El 'Seniorie' italiano fue sustituido por otro caballero, Ottmar Hitzfeld, que vino a hacer incorporaciones a la colección de trofeos de Säbener Straße.
El de Lörrach tuvo una temporada de debut casi perfecta, conquistando el campeonato alemán número 15 y llegando a las finales de la Copa Alemana y la Champions League. El partido ante el Manchester United en Barcelona no fue según el guión acostumbrado en la mayor competición europea. Tras todo un partido con una ventaja 1-0, el Manchester United logró dar la vuelta al marcador en dos minutos del tiempo de descuento, dejando la amarga experiencia de la "madre de todas las derrotas". Lo mismo sucedió en la Copa DFB, cuando el Werder Bremen se proclamó campeón en el Estadio Olímpico de Berlín: tras el final el marcador fue de 1-1, pero la tanda de penaltis asestó a los muniqueses una derrota 5-4.